Mit dem Zusammenbruch der Alten Eidgenossenschaft im Frühjahr 1798 erfuhr auch Bremgartens Geschichte einen tiefen Einschnitt. Vorbei war es mit der bisherigen Sonderstellung und mit der weitgehenden Selbständigkeit. Die Untertanen im Kelleramt und im Niederamt (Zufikon und Mutschellengebiet) wurden frei. Bremgarten stieg auf den Status eines gewöhnlichen Landstädtchens ab.

Innerhalb der neu geschaffenen Helvetischen Republik gehörte Bremgarten zum Kanton Baden. Es wurde Hauptort des Distriktes Bremgarten.

Der erste Regierungsstatthalter (oberster Exekutivbeamte) des Kantons Baden stammte aus Bremgarten. Heinrich Johann Nepomuk Weber (1767-1847), Mitbesitzer der Papiermühle in der Unterstadt, wurde mit 31 Jahren in dieses Amt berufen. Die Spannungen zwischen der Bevölkerung und den französischen Besatzungstruppen machten ihm allerdings sehr zu schaffen. So reichte er bereits im Juni 1799 seine Demission ein.

Damals lag Bremgarten mitten im Aufmarschgebiet der Franzosen gegen die Österreicher und Russen. Von der Bevölkerung wurden dafür grosse materielle Opfer gefordert: Die Truppen samt ihren Pferden mussten einquartiert und verpflegt werden. Die Franzosen beschlagnahmten zudem Pferde und Fuhrwerke und zwangen die Leute zu Arbeitsleistungen.

Für kurze Zeit, vom 9. bis 21. Juni 1799, schlug der französische General André Masséna im Gasthof Hirschen an der Marktgasse sein Hauptquartier auf.